La etapa inițială a elaborării Politicii fiscale și vamale pentru anii 2018-2020, art. 98, alin. (1) din Cod fiscal, urma să fie completat cu lit.(d) care prevedea că valoarea impozabilă a livrării impozabile, va fi ajustată în cazul în care, valoarea impozabilă a livrării impozabile a fost redusă în urma returnării ambalajelor în care s-au expediat mărfuri, fiind eliberată factura fiscală pentru ambalajele respective.

Reprezentații unei firme de audit au constatat faptul că, în comentarii la proiectul de lege, se explică că modificarea dată are drept scop armonizarea legislaţiei naţionale cu cea europeană. Totodată, se menţionează că în UE se practică două măsuri de reglementare permise în cazul dat:
- excluderea (valorii ambalajului) din baza de impozitare şi adoptarea măsurilor necesare pentru a se asigura că suma respectivă este regularizată în cazul în care ambalajul nu este returnat;
- includerea (ambalajului) în baza de impozitare şi adoptarea măsurilor necesare pentru a se asigura că suma respectivă este regularizată în cazul în care ambalajul este efectiv returnat.

În proiectul de lege a fost aleasă a doua metodă. Astfel, dat fiind faptul că nu a fost făcută o analiză a practicii utilizate în RM pentru a vedea care opţiune este mai benefică pentru mediul antreprenorial de la noi din ţară, această prevedere a fost exclusă din proiect.

Confederaţia Naţională a Sindicatelor din Moldova, a venit cu propunerea de restabilire a impozitării cu TVA a livrărilor autoturismelor pe piaţa internă, precum şi la importul lor și de anulare a accizului la importul autoturismelor. CNSM, argumentează decizia, că conform prevederilor actuale, accizul pentru importul autoturismelor este stabilit în dependenţă de capacitatea cilindrică a motorului şi termenul de exploatare a mijlocului de transport şi nu ţine cont în nici un fel de preţul real al autoturismului. Mai mult, în anul 2016 se prevedea reexaminarea sistemului de impozitare a autoturismelor, prin anularea accizului şi introducerea TVA pentru aceste tipuri de mărfuri. De asemenea, s-a propus repetat completarea art. 95 din Codul fiscal cu noi obiecte impozabile ce țin de importul și livrarea autoturismelor pe teritoriul RM. Ministerul Finanțelor, a refuzat această propunere, justificând decizia sa prin faptul că aplicarea TVA în schimbul accizei pentru autoturisme poate fi realizată odată cu implementarea Catalogului mijloacelor de transport de către Serviciul Vamal.

Aplicarea în continuare a accizei aferent mijloacelor de transport este motivată prin faptul că, determinarea sumei TVA spre plată la importul autoturismelor se realizează în baza valorii în vamă a cărei cuantum este stabilit doar în baza documentelor primare prezentate de persoana fizică sau juridică, iar Serviciul Vamal, neavând un Catalog internaţional de preţuri la mijloacele de transport, nu poate interveni pentru modificarea şi stabilirea unei valori reale a mijlocului de transport.

Introducerea prematură a normei în cauză, ar determina reducerea valorii în vamă, a mijloacelor de transport importate de către plătitorii vamali şi respectiv micşorarea considerabilă a încasărilor în bugetul public naţional. 

În prezent, reglementările fiscale obligă calcularea TVA de la prețul de piață a producției livrate în contul arendei terenurilor agricole.
Totodată, art. 99 din CF, prevede că valoarea de piaţă a livrării impozabile (în cadrul relațiilor specifice) nu trebuie să fie mai mică decât costul vânzărilor ei. În opinia Asociaţiei Investitorilor Străini (FIA), acest fapt generează costuri suplimentare pentru întreprinderile agricole, în special în anii secetoși, atunci când costul pentru unele produse recoltate poate fi mai mare prețul de piață a acestora.

Conform Indicației metodice privind contabilitatea costurilor de producție și calculația costului produselor și serviciilor, aprobat prin Ordinul Ministerului Finanţelor nr.118 din 06.08.2013, costul de producție constituie resurse exprimate valoric şi consumate pentru fabricaţia produselor/prestarea serviciilor.
De aici rezultă, că agentul economic a trecut în cont sumele TVA aferent procurărilor de materii prime, materiale, servicii consumate pentru fabricarea producției agricole. Totodată, recompensa ce va fi achitată arendatorului pentru folosirea terenului dat, prin prisma unor relații specifice, este achitată sub formă de marfă - producție agricolă, care indirect ar trebui să conțină în costul său „prețul" terenului arendat.

În opinia Ministerului Finanțelor, practicarea unor prețuri de vânzare sub cost de producție, în special în cadrul relațiilor specifice, constituie o formă de concurență neloială (dumping), putând fi interpretată de organele fiscale ca o practică de evaziune fiscală, prin declararea unor impozite și taxe mai mici la bugetul de stat.

Ministerul Economiei, consideră că ar fi binevenită introducerea tratării modului egal a producătorilor autohtoni de lapte cu procesatorii de lapte în partea ce ține de dreptul de restituire a sumei TVA și optează asupra examinării posibilității privind stabilirea cotei unice a TVA pentru producătorii și prelucrătorii de toate tirurile de produse agricole. Ministerul Finanțelor a respins propunerea, din considerent că armonizarea legislaţiei fiscale în partea ce ţine de cotele TVA urmează să fie examinată în conformitate cu calendarul stabilit, şi anume 2019.

Asociația Businessului European din Moldova, propune reducerea termenului de restituire a taxei pe valoare adăugată, pentru entitățile ce activează în domeniul agricol, cu condiția ca cererea și toate documentele necesare expuse la p. 32 al Regulamentului menționat să fie prezentate organelor fiscale în regim on-line, pentru a urgenta termenele de verificare și respectiv de restituire. Decizia e argumentată de deficitul de cash flow în perioadele extra-sezon, fapt ce afectează semnificativ activitatea acestora, iar deseori, se impune necesitatea apelării la resurse creditare pentru a acoperi acest decalaj, ceea ce în mod direct se răsfrânge și asupra costurilor și respectiv prețurilor de producție. Ministerul Finanțelor respinge propunerea, deoarece termenul de 45 de zile destinat pentru efectuarea restituirii TVA se motivează prin faptul că, 37 de zile sunt destinate pentru efectuarea controalelor şi adoptarea deciziei, iar celelalte 8 zile sunt destinate pentru efectuarea restituirii efective. Astfel restituirea sumei TVA într-un termen mai restrâns decât 45 de zile, nu poate fi executată prin prisma administrării fiscale. Mai mult decât atât, acordarea acestei facilități doar pentru o singură ramură ar încalca principiul entităţii fiscale.