Conform prevederilor legale codul fiscal se anulează în cazul:
a) atribuirii lui cu încălcarea legislației fiscale;
b) lichidării, reorganizării sau încetării activității persoanei juridice, întreprinderii cu statut de persoană fizică, persoanelor fizice ce practică activitate profesională licențiată ori autorizată;
c) decesului persoanei fizice, declarării morții ei, declarării, în modul stabilit, dispărute fără veste sau emigrării ei;
d) dispariției obiectului impozabil și obligației fiscale pentru persoanele fizice (cetățeni străini apatrizi), persoanele juridice sau organizațiile cu statut de persoană fizică nerezidente;
e) radierii din oficiu a persoanelor juridice inactive, a întreprinzătorilor individuali inactivi dacă întrunesc condițiile stabilite la art.26 din Legea nr. 220 -XVI din 19.10.2007 privind înregistrarea de stat a persoanelor juridice și a întreprinzătorilor individuali.
Dacă se respectă aceste condiții organul înregistrării de stat iniţiază din oficiu procedura de radiere din Registrul de stat a persoanei juridice inactive şi a întreprinzătorului individual inactiv, adoptând decizia de iniţiere a procedurii de radiere. Informaţia privind lipsa/existenţa datoriei la bugetul public național (BPN) se obţine de către organul înregistrării de stat din Sistemul informațional automatizat Contul curent al contribuabilului (SIA CCC), prin intermediul platformei de interoperabilitate instituite de Guvern.
f) lichidării persoanelor juridice ale căror coduri fiscale se atribuie de Serviciul Fiscal de Stat (SFS).
În cazul încetării activității contribuabilului, a cărui cod fiscal a fost atribut de SFS, anularea codului fiscal se efectuează în baza cererii recepționate electronic, prin intermediul SIA „e-Cerere” sau pe suport de hîrtie și se examinează de Direcţia deservire fiscală, în a cărei rază teritorială se deservește contribuabilul.

Anularea codului fiscal atribuit de SFS se efectuează prin adoptarea Deciziei privind anularea codului fiscal atribuit de SFS, în baza:

• cererii depuse de contribuabili şi certificatului de atribuire a codului fiscal în original;
• hotărîrii instanţei judecătoreşti – în cazul lichidării persoanei juridice şi a întreprinderii cu statut de persoană fizică sau în cazul declarării morţii sau declarării persoanei fizice dispărute fără veste;
• deciziei conducerii SFS – în cazul atribuirii de cod fiscal cu încălcarea legislaţiei;
• informaţiei organelor de stare civilă – în cazul decesului persoanei fizice;
• informaţiei autorităţii publice abilitate să permită ieşirea din Republica Moldova pentru domiciliere în altă ţară – în cazul ieşirii persoanei fizice;
• documentelor care atestă că persoanele fizice (cetăţeni străini şi apatrizi), persoanele juridice sau organizaţiile cu statut de persoană fizică nerezidente nu au obiecte impozabile şi nici obligaţii fiscale.

Codul fiscal care reprezintă numărul de identificare de stat se anulează în baza informației prezentate de entitatea abilitată cu dreptul de înregistrare de stat.

SFS va efectua înscrierea despre anularea codului fiscal în Registrul fiscal de stat, doar dacă contribuabilii au achitat toate obligațiile față de BPN.

Avizul despre anularea codului fiscal, în legătură cu atribuirea lui cu încălcarea legislației fiscale, se va anexa în dosarul contribuabilului.

Notă: Certificatul de atribuire a codului fiscal anulat se păstrează în Registrul fiscal de stat timp de 10 ani din momentul anulării. Codul fiscal anulat nu se atribuie unei alte persoane.